Бльшая часть известных пародонтопатогенных микроорганизмов показывают восприимчивость к имеющимся  антибиотикам. Часть антибиотиков, к примеру, амоксициклин, дают необходимую консистенцию в десневой жидкости и кровотоке при пероральном применении. Но следует учитывать, что есть определенный уровень восприимчивости микробов к антибиотикам, а соответственно и  устойчивость к ним. Ряд тестов на восприимчивость к антибиотику могут проводиться на образцах, взятых из полости рта. Но техника взятия оказывает значительное влияние на итоговый результат тестирования. И это является основной причиной широкого разброса результатов. Поэтому, в случаях агрессивного реферактерного пародонтита часто используется системная антибиотикотерапия.