Рефрактерный или неизлечимый пародонтит включает в себя случаи, которые не поддаются лечению, они сложно протекают и нередко им сопутствует большое количество осложнений. Как не печално, рефрактерный пародонтит достаточно развит, и даже последние исследования показали, что 17% пародонтологических больных «весьма сложно поддаются лечению». Даже при соблюдении гигиены полости рта, постоянного консервативное лечения, устранение локальных факторов которые, несомненно, оказывают не малое воздействие на течение заболевания, на данный момент известно, что микрофлора и иммунологическая реакция  на пародонтологические патогены имеют  наибольшее значение в патогенезе заболевания. Пациентам с рефрактерным пародонтитом раньше проводилась стандартная пародонтологическая терапия, но, не смотря на это, пародонтит прогрессирует. У этих больных отсутствие ремиссии связано с плохой гигиеной, а также непостоянным обращением на повторные осмотры и, как следствие, отсутствием регулярного лечения. Современные исследователи считают, что к образованию агрессивного пародонтита имеется некоторый уровень генетической предрасположенности, модифицирующийся под воздействием факторов риска. К таким факторам можно отнести регулярное курение, наличие сахарного диабета и аномалию окклюзии.

В связи с тем, что  многие врачи не рассматривают аномалии окклюзии как фактор, влияющий на  прогрессирование пародонтита, вызывает интерес исследование McGuire в 1996 году, показывающее, что подвижность и отношение длины коронки к зубному корню являются факторами, значительно предопределяющими течение пародонтита.

Для определения диагноза при заболеваниях пародонта нужен сбор данных, который включает традиционные параметры. Тем не менее, первоначальный сбор данных не на столько важен при лечении проблемных пародонтологических случаев, как регулярный сбор данных в течение всего периода наблюдения за больным и постоянное сопоставление с исходными данными.